Considera quanto segue:
1. Se il quesito si riferisce ad una locazione abitativa cosiddetta “a canone libero”, di cui all’art. 2, co. 1, legge n°431/1998, l’entità e le modalità di richiesta di aggiornamento del canone possono essere liberamente determinate dalle parti, sicché può ritenersi del tutto legittima una pattuizione contrattuale che preveda un aggiornamento automatico (cioè senza una specifica richiesta del locatore) del canone, in base all’indice ISTAT (nulla vieta, comunque, di scegliersi un diverso indice). Puoi eccepire la prescrizione quinquennale, a norma dell’art. 2948, n°3, cod. civ.,secondo cui “si prescrivono in cinque anni […] le pigioni delle case, i fitti dei beni rustici e ogni altro corrispettivo di locazione”. Ne deriva che non possono essere richiesti adeguamenti precedenti a cinque anni fa.
2. In base a quanto riferisci, sembra data al locatore la possibilità di aggiornare il canone in misura piena (100%), senza detrazione del 25% della percentuale di variazione ISTAT, ma, per una risposta più precisa, sarebbe necessario esaminare la clausola nella sua interezza. Ad ogni modo, in genere quando si scrive di rivalutare una qualunque somma in base ad un indice prestabilito, in mancanza di dettagli chiari e inequivocabili, si intende sempre l’indice in misura piena.
3. Riguardo all’imposta di registro, il termine di prescrizione è 5 anni (DPR n°131/1986, sezione VIII, Decadenza e prescrizione, art. 76, co. 1). Ove, invece, tu ti riferisca al termine di prescrizione del diritto al rimborso, pari alla metà, dell’imposta di registro da parte del locatore, tale questione non trova frequente trattazione in giurisprudenza, per cui direi che il diritto del locatore di vedersi rimborsato dal conduttore la quota da questi dovuta relativa all’imposta di registro, si prescrive nel termine breve quinquennale, rientrando tale somma nell’ambito del canone o, comunque, di un corrispettivo della locazione, previsto dall’articolo del codice civile sopra richiamato.
4. Quanto ai tassi di interesse maturati sul deposito cauzionale non richiesti, in corso di rapporto, dal conduttore (soggetti anch’essi al termine prescrizionale breve quinquennale, poiché, a mente dell’art. 2948, n°4, cod. civ., si prescrivono in cinque anni “gli interessi da pagarsi periodicamente ad anno”), si precisa che trattasi di interessi semplici, e non composti: gli interessi legali vanno calcolati anno per anno, su base giornaliera, e non sono suscettibili di capitalizzazione nel rispetto del divieto del cosiddetto anatocismo. Riguardo al dies a quo di decorrenza del termine prescrizionale, la giurisprudenza di merito lo ha identificato con la data di scadenza della locazione.