Al riguardo direi che c'è un ottimo riassunto sul tema nel sito dell'ag. entrate in merito alla registrazione:
RLI web consente di registrare direttamente online, senza installare alcun software, i contratti di locazione, comunicare proroghe, cessioni e risoluzioni, esercitare o revocare l'opzione per la cedolare secca. Eccolo:
Per la registrazione con RLI web è necessario allegare copia del contratto, in formato TIF, TFF o PDF/A. Non è obbligatorio allegare copia del contratto, in presenza di queste caratteristiche:
- locazione di tipo abitativo
- il contratto è stipulato tra persone fisiche che non agiscono nell'esercizio di un'impresa, arte o professione
- un numero di locatori e di conduttori, rispettivamente, non superiore a tre
- una sola unità abitativa ed un numero di pertinenze non superiore a tre
- tutti gli immobili devono essere censiti con attribuzione di rendita
- il contratto contiene esclusivamente la disciplina del rapporto di locazione e, pertanto, non comprende ulteriori pattuizioni.
Si precisa che nel caso in cui è compilata la casella casi particolari, è sempre obbligatoria l'allegazione del contratto.
Quindi l'Ape segue, dal punto di vista burocratico, le stesse vicissitudini del testo del contratto.
Copia dell'APE sarà comunque consegnata al conduttore insieme alla copia del contratto: la custodia degli stessi è onere del locatore (e conduttore?). Il vecchio ufficio del Registro sembra quindi oggi interessato solo a riscuotere , meno a "conservare" l'atto.
Ricordo anche una circolare dove si precisa che la presenza dell'allegato APE al contratto non comporta costi di bollo suplementari, esssendo questa parte obbligatoria del contratto di locazione.
Se invece si volesse (non conosco le motivazioni) registrare la sola APE o sua copia autenticata, non contestualmente al contratto di locazione, sarebbe dovuto il bollo previsto per i documenti.