Io non ho mai sentito che un Comune imponga di prendere residenza.
Inoltre il domicilio non c'è bisogno di comunicarlo in Comune, è semplicemente un indirizzo a cui si è reperibili, spesso in base a un'attività professionale lì svolta.
Forse il comune di cui sopra ha dato quella risposta perchè la ragazza ha richiesto l'iscrizione temporanea al registro della popolazione (e dopo 12 mesi scatta l'obbligo di chiedere residenza).
Se lei non vuole prendere residenza basta non presentarsi in comune, risulterà ancora residente altrove. Nel contempo alla banca, ai fornitori di utenze, al datore di lavoro potrà dare il nuovo indirizzo.
Io vedo molti inquilini in trasferta per lavoro non interessati a spostare la propria residenza nell'appartamento, perchè sanno che tempo magari un anno e si dovranno nuovamente trasferire.
Quel comune potrebbe aver delle regole più restrittive sulla residenza riguardo le agevolazioni connesse con i contratti 3+2.