Non esiste una risposta certa alla tua domanda. Alcuni uffici locali delle Entrate richiedono che l’opzione venga nuovamente espressa in sede di proroga (l’opzione cessa di produrre i suoi effetti al termine della durata del contratto e dell’eventuale proroga, pertanto, secondo tale tesi, nel caso di specie, è necessario ribadire l’opzione al termine del terzo quadriennio), altri uffici locali delle Entrate non lo ritengono necessario. Qualora tu intenda rimanere in regime di cedolare secca, nel dubbio, tu flagga la casella “Cedolare secca” e riconferma l’opzione (“SI’”) nel quadro D. E’ un invito alla prudenza.
Il campo “cedolare secca” valorizzato (è un interruttore che corrisponde al comando: OPZIONE / REVOCA) e l’indicazione “SI’” e il codice fiscale del locatore che ha espresso l’opzione per il regime sostitutivo nel quadro D (che deve corrispondere al codice fiscale indicato nel quadro B - Sezione I – Dati del locatore), in sede di proroga, di un contratto già cedolarizzato non determina la revoca dell’opzione (sarebbe veramente preoccupante se, confermando l’opzione per la seconda volta, si ritornasse in IRPEF).
Nel caso di adempimento successivo, con “SI’” non si revoca l’opzione, ma la si esercita, nuovamente oppure per la prima volta (in sostanza, non dici “SI’” alla revoca, dici “SI’” alla cedolare secca). Solo l’indicazione “NO” revoca l’opzione e il conseguente ritorno al regime ordinario (diversamente, in sede di registrazione, l’indicazione “NO” sta ad indicare non la revoca, ma la non adesione alla cedolare secca: come posso, in prima registrazione, revocare un regime fiscale che non ho ancora opzionato?).
La firma del richiedente o del delegante va apposta solo nella versione cartacea da presentare in ufficio. In telematico, la tua firma è il tuo PIN.
Salvo che il software non abbia recepito l’indicazione (non dico che non sia possibile, ma reputo tale evenienza poco probabile), mi pare alquanto strano (e preoccupante: ora potresti essere tornato in IRPEF) quello che ti è capitato. 
Salvo che la fornitura non sia stata scartata con la motivazione “Dati incongrui”, è probabile che sia stato tu stesso il responsabile involontario dell’accaduto. Pervengo a questa conclusione sulla base del fatto che il software, in sede di adempimento successivo alla prima registrazione, non calcola in automatico le imposte, ma richiede che sia lo stesso contribuente non solo a digitarle materialmente, ma anche a indicare le coordinate bancarie dell’intestatario del conto corrente per procedere all’addebito dell’importo dovuto.
Come può il software, in sede di proroga, automaticamente addebitarti l’imposta, calcolandola come se fosse in sede di prima registrazione in regime ordinario (pur in presenza di una videata a importo zero?), quando sei solo tu che puoi digitare (calcolare) l’importo nel quadro LIQUIDAZIONE DELLE IMPOSTE?
Delle due l’una. O, in sede di proroga, (distrattamente) è stata revocata l’opzione (campo cedolare secca valorizzato e indicazione “NO” nel quadro D, oppure (caso più probabile) è stato valorizzato il campo cedolare secca, indicando “SI’” nel quadro D. In entrambi i casi, però, per avere l’addebito sul conto corrente, deve essere stato digitato l’importo dell’imposta di registro e indicate le coordinate bancarie nel RIEPILOGO. 
E’ chiaro che il “SI’” del quadro D è incongruo con gli importi calcolati nel quadro LIQIDAZONE DELLE IMPOSTE.
A questo punto, bisogna chiedersi:
a) Che cosa ha capito il sistema?
ma soprattutto:
b) Che cosa ha capito l’ufficio?
Ora, se l’ufficio ritiene che il comportamento concludente sia il quadro LIQUIDAZIONE DELLE IMPOSTE (importo superiore a € 0,00) e non il quadro D (“SI”), tu saresti tornato in IRPEF. Viceversa, se l’ufficio ritiene, invece, che il comportamento concludente sia il quadro D (“SI”), saresti rimasto in cedolare secca. In tal caso, potresti richiedere il rimborso dell’imposta non dovuta, inoltrando apposita istanza in carta semplice, contenente i motivi in base alla quale si ritiene di aver diritto al rimborso. Il termine di decadenza per le domande di rimborso per le imposte indirette (registro) è 36 mesi.
Se la cosa è abbastanza recente, è probabile che l’ufficio competente non si sia ancora accorto di niente. Io comunque una capatina in ufficio la farei, se non altro per sincerarmi a quale regime fiscale è stato assoggettato in Anagrafica il contratto.
