Puoi inserirle nel contratto solo se entrambe le parti le accettano e le sottoscrivono, prima della registrazione.
Puoi inserirle direttamente sul contratto e facendo rifirmare le parti contraenti per accettazione, oppure puoi redigerle e stipularle a parte come integrazione al contratto originale (sempre facendo firmare le parti).
In quest'ultimo caso aumenteranno le spese di registro per l'ulteriore integrazione.
Tuttavia, avendo già chiuso il contratto dubito che le parti (o almeno una di loro) siano disposte a rettificarlo aggiungendo le penali.
Se però sono penali che entrambe le parti hanno interesse ad aggiungere, come ho già scritto è possibile.