In sede di permuta il notaio trasferisce il terreno A ai proprietari di B e viceversa, senza nessuna modifica. Quindi se la proprietà del terreno B è formata da nuda proprietà e usufrutto, dopo la permuta, il terreno A sarà con la stessa proprietà: nuda proprietà e usufrutto.
Non vedo perchè tu la debba eliminare, anche perchè come ti ho scritto, dovresti fare un atto prima.