Nel primo messaggio non si hanno queste notizie, e comunque sono passati 3 anni e la pratica, se non sono state fatte proroghe, sicuramente è scaduta.
Avresti dovuto pagare (allora sei moroso nella conclusione della pratica) e se così la pratica deve essere ripresentata nuovamente (questa è la legge, non volontà di persone), a meno che il tecnico comunale non acconsenta di portarla avanti così com'è.
Hai pagato altri soldi per una costruzione parziale, sicuramente se la restante parte è stata ultimata avrai anche l'agibilità parziale dei locali finiti.
Su questo, per dirla tutta, meglio essere chiari e dire che non si può fare di un erba un fascio, perchè dall'altra parte chi ti risponde non sai chi c'è e magari può essere anche uno dei tecnici della PA o dei professionisti che sicuramente le lauree non le hanno comprate, ma sudate cos' come l'abilità alla professione, ed i tecnici non sono così nulla facenti come dici; anche se il nostro paese è pieno di incapaci e di scanìsafatiche non è detto che chi svolge una professione o chi lavora nella PA sia così ... prova a pensare il contrario e vedi cosa ne esce.