La risposta, alla tua prima domanda, è affermativa. In tutti i seguenti 11 comuni (Roma, Milano, Venezia, Genova, Bologna, Firenze, Napoli, Torino, Bari, Palermo, Catania, i canoni dei contratti transitori sono fissati all'interno degli accordi territoriali (in assenza dell'accordo locale provvede il D.M. 10.03.2006). Non solo in essi, però: anche i tutti i comuni confinanti con gli stessi, la cui individuazione risulta complessa e caotica, probabilmente, poco chiara anche a chi ha legiferato in materia: si pensi, ad esempio, ai confini marittimi di Venezia.
Quanto alle rimanenti domande, secondo quanto previsto dall'art. 13 della legge 431/1998, i patti considerati contrari alla legge sono quelli diretti a pretendere un canone superiore a quello risultante dal contratto registrato oppure quelli volti a derogare ai limiti di durata del contratto prevista dalla legge. Nel caso di versamento del canone in misura superiore rispetto a quella realmente dovuta, il conduttore ha facoltà, con azione proponibile entro 6 mesi dalla riconsegna dell'immobile, di richiedere al giudice del luogo in cui è sita l'unità immobiliare, la restituzione delle somme pagate in eccedenza. Lo stesso dicasi se il canone pagato dal conduttore sia superiore a quello massimo stabilito dagli accordi locali per quel tipo d'immobile. Relativamente alla durata, quella prevista dalla legge prevale su quella indicata dalle parti in contratto, con la conseguenza che la prima si inserisce automaticamente nel contratto stesso in sostituzione della seconda, lasciando inalterate tutte le altre clausole del contratto conformi alla legge.