Se ho ben capito, la casa ove ora vivete è di tua esclusiva proprietà e tu vuoi che essa diventi anche di proprietà di tua moglie. Giusto?
In questo caso dovrete valutare se porre in essere una donazione oppure una compravendita; rivolgetevi al notaio per un preventivo dei costi (compresi gli oneri tributari, diversi nei due casi). Fate attenzione ad un disinvolto uso della donazione, potrà crearvi in sede di rivendita dell'immobile.
Ritengo che la vendita della quota del 50% al coniuge non conduce alla decadenza dei benefici prima casa (penso che questo sia il motivo del riferimento al termine quinquennale) ma sul punto il notaio potrà fornirti ogni certezza.
Resta inteso che la stipula di una convenzione matrimoniale (per il passaggio dal regime di separazione a quello di comunione dei beni) potrà esplicare i suoi effetti soltanto sugli acquisti futuri: i beni che erano di esclusiva proprietà nel corso del regime di separazione (come la casa ove vivete) tali rimarranno (di qui la necessità di addivenire comunque ad una compravendita o ad una donazione nel caso in cui tu volessi intestare la quota a tua moglie); quelli che invece acquisterete successivamente cadranno invece in comunione.