Regolarizzare è facile ma dipende dai Comuni
(bisogna sempre considerare il fine che si vuole ottenere come già detto tra le righe da CheCasa)
Se da progetto presentato in Comune risultano due immobili distinti e separati e in catasto risulta un accorpamento (secondo me e riferito al Comune dove vivo) basterebbe una rettifica a livello catastale
Se invece si preferisce la situazione attuale ovvero due unità accorpae tra di loro (fusione) sarebbe servita solo una Cila (comunicazione Inizio lavori asseverata) seguita dal fine lavori e riaccatastamento senza oneri Comunali
Il fatto che l'opera è stata già eseguita senza seguire il giuso iter (come previsto dal Decreto sblocca Italia) potrebbe prevedere (sempre a discrezione dell'ufficio tecnico Comunale) una pratica edilizia in sanatoria pagando una sanzione
Tutto risolvibile e tutto semplice
(la risposta giusta che sposa il fine che vuoi ottenere te la può dare solo l'ufficio tecnico del tuo Comune o Municipio d'appartenenza)