Secondo il livello, nessuna. I webmaster seri i cms sui siti che ritengono importanti se li costruiscono ad hoc
(magari su un FW di base preparato in precedenza).
Poi ho visto siti in WP, DRUPAL o in JOOMLA fatti e venduti. Ma sono siti che alla fine non spiccano quasi mai. ( a parte poche eccezioni dove la forza del brand in se era già garanzia).
Quindii la differenza c'è, ma se non hai l'occhio giusto non la vedi e su quello i webmaster ci sguazzano.
Joomla poi lo odio proprio per quello che dici tu, si appoggia troppo al db, per qualsiasi cosa e inoltre il codice che spara fuori è spesso pieno di cose inutili (specie con i plug in).
I cms non hanno contribuito alla pulizia nel web, anzi... tutt'altro. E non hanno contribuito nemmeno alla pulizia tra i webmaster, almeno prima gli incapaci li riconoscevi subito...
Ma io per primo ho detto: è un problema mio.
MI piace chi codda a mano.