Visto il caso di specie, questo è il mio pensiero (mi auguro rispecchi la realtà):
Se le parti hanno interesse a continuare il contratto in essere (quindi non intendono far cessare il contratto in essere e/o non intendono registrare un nuovo contratto) sarà sufficiente calcolare la somma dei versamenti in più.
Sarà bene procedere preventivamente con una raccomandata a/r o PEC da parte della proprietà all'inquilino dove si fa presente l'errato versamento.
Poi si potrà seguire una delle due vie:
- o la restituzione delle somme percepite in eccesso, ad esempio stipulando una transazione (art 1965 c.c.)
- o presentare all'AdE una riduzione del canone di locazione temporanea al fine di pareggiare i conti.
(Se facciamo finta che i 50 € versati in più e per più mensilità abbiano cumulato un esubero complessivo corrispondente ad una mensilità e mezza, ecco che una riduzione temporanea del 50% per tre mensilità appianerebbe il tutto).
Nulla vieta di inserire quale motivazione l'essersi resi conto che c'era un errore nei versamenti da parte dell'inquilino.
Copia della raccomandata/PEC sarà bene averla con se al momento della registrazione della riduzione del canone (non saprei dire se chiedano di allegarla ma è meglio essere previdenti).
Se possibile consiglierei la restituzione immediata delle somme percepite in eccesso perché penso che ai fini fiscali la seconda possibilità (riduzione del canone) potrebbe generare un contratto di permuta e l'AdE potrebbe esigere un obolo (ma è materia più da fiscalisti che mia).
Se poi la proprietà decide che i denari non li vuol rifondere, beh deve sperare che non capitino controlli e che l'inquilino non abbia ripensamenti. (se il contratto fosse abitativo, la possibilità per l'inquilino di richiedere le somme pagate in più termina dopo 6 mesi dalla riconsegna dell'immobile).
Se invece la proprietà si rende conto del versamento in più ed avvisa l'inquilino ma questi decide di voler comunque pagare di più, si dovrà necessariamente far cessare il contratto e redigerne/registrare uno nuovo.