per quel che può valere, io - qui, da lontano e senza conoscere troppo i dettagli (che posson fare la differenza) - agirei così:
1.
subito, senza frapporre indugio, azione possessoria (artt. 1168 o 1170 cod. civ., a seconda della situazione) contro la rimozione della tua cisterna dal tetto: il procedimento è abbastanza rapido e darebbe già una bella "scossa" alla situazione.
Ciò sempre che sussistano le prove e non si sia già incorsi nel termine decadenziale di un anno per l'azione.
sarebbe da valutare, altresì, se agire da solo od assieme al tuo inquilino, che gestisce il negozio sottostante;
2.
assieme, o successivamente all'azione possessoria, azione di accertamento tecnico preventivo ex art. 696 cod. proc. civ. per accertare:
a) se la nuova costruzione dell'immobile sia - o meno - in regola sotto il profilo edilizio- urbanistico, etc.;
b) se è tutto in regola circa il punto precedente, accertare se lo è anche sotto il profilo "condominiale"(staticità dell'immobile, decoro architettonico, diminuzione aria -luce), visto che due condòmini fanno un condominio;
c) se è tutto in regola anche sotto tale ultimo profilo, accertare e quantificare l'indennità a te dovuta ai sensi dell'art. 1127 cod. civ.;
d) ed accertare e quantificare, ai sensi dell'ultimo comma dell'art. 1127 cod. civ. - le spese ed i costi necessari per ricostruire il lastrico solare che tu avevi il diritto di usare.
Il CTU, nominato dal giudice, stabilirà se la nuova costruzione è in regola, etc.etc. e tu avrai la certezza di non promuovere cause avventate.
(Le azioni sarebbero promosse anche al fine di allontanare da te eventuali corresponsabilità sui fatti e misfatti del palazzinaro.)
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A proposito della questione dei millesimi della comproprietà, secondo me, ci sta che te ne rammarichi e dovrà essere tenuto nel conto dovuto (salvo ovviamente altri auspicabili accordi...traslativi/transattivi).
Ad avviso della Cassazione (cfr., ad es., Corte Cass. 16 giugno 2005 n.12880 e 21 maggio 2003 n.7956), infatti,poichè ciascun condomino, ex art.1118 cod. civ., ha un diritto di comproprietà ,proporzionato al valore del piano o porzione di piano in proprietà esclusiva, sulle cose comuni elencate nell'art. 1117 cod. civ, e quindi anche sull'area sulla quale sorge l'edificio, la realizzazione di nuovi piani determina automaticamente una modifica degli elementi che concorrono a formare la proporzione.
Ciò in quanto il proprietario dell'ultimo piano, costruendo nuovi piani o nuove fabbriche , aumenta la propria quota nella comunione, tra le altre cose comuni, anche sull'area medesima e questo aumento ,naturalmente rimanendo fisso il parametro di base, ha luogo con una proporzionale riduzione delle quote degli altri partecipanti alla comunione.
Buon lavoro a te ed al tuo legale di Roma.
