Certo che la situazione è al quanto complessa e particolare
Ragiono a voce alta ....
Ovvio che L'appartamento B va regolarizzato catastalmente parlando, come è abbastanza ovvio, prendendo come base il progetto originario, che entrambi gli appartamenti hanno subito una variazione che avrebbe dovuto prevedere (catastalmente ed urbanisticamente parlando) una pratica di frazionamento e fusione che doveva formalmente coinvolgere tutte e due le unità immobiliari.
A quanto pare catastalmente solo una è rispondente allo stato dei luoghi anche se difforme al progetto originario ...
Il Focus per regolarizzare le porzione B a mio avviso e la legittimità riferita alla proprietà della stanza da te soprannominata fantasma.
Prima di parlare di usucapione che prevede un suo iter, mi soffermerei sulla scrittura privata, se ritenuta valida nella sottoscrizione (firma dei contraenti e eventuali accordi, anche economici, tra le parti adempiuti)
Credo sia logico fare leva su di essa per far sì che la proprietò di "B" sia riconosciuta anche con l'ausilio degli aventi causa di "A" i quali non hanno elementi tali da disconoscerla in quanto il loro immobile seppur in difformità del progetto originario, hanno da sempre avuto l'immobile accatastato senza la stanza Gost..... e con una scrittura privata che esclude la prprietà a loro favore.
Dopo questa riflessione a voce alta non saprei che iter consigliarti se non quello di rendere ufficiale questa scrittura privata con la collaborazione degli aventi causa di "A" al fine di regolarizzare l'appartamento "B"
nei modi che il vostro regolamento regionale prevede (pratica urbanistica probabilmente a sanatoria visto che il frazionamento e fusione parziale di due unità comporta anche delle opere murarie) per poi procedere al nuovo accatastamento.
L'Usucapione lo terrei in ultima analisi solo qualora gli aventi causa di A si mostrassero non collaborativi.