Bisognerebbe capire a cosa ti riferisci: la copertura è inclinata quindi ha due altezze differenti oppure è stato quotato lo stesso punto con due misure differenti e una delle due torna?"BASTA CHE CI SIA UNA DIFFERENZA DI ALTEZZE"" (nell'elaborato grafico risulta il tetto con 2 altezze)
E' l'altezza utile intera o quella esterna a essere difforme di 50 cm? I pannelli di lamiera coibentata poggiano su delle travi alte?
Probabilmente il geometra ha già studiato il caso e potrebbe voler far passare il tutto come mero errore grafico nel vecchio progetto.
A mio avviso hai fatto bene a far notare sin da subito il problema, io farei così: lascerei fare il suo lavoro al geometra che hai già informato del problema, se dovessi avere problemi col perito della banca per questo fallo conferire col geometra perché trovino una situazione.
Pretendi comunque la sistemazione dell'altezza (sulla carta o nella realtà) qualche giorno prima del rogito in modo da acquistare un immobile in regola.