Nell'ipotesi di vendita del 50% al coniuge, al notaio poco importa se il pagamento avviene per davvero perchè gli basta indicare in atto la tracciabilità del pagamento e quale mezzo è stato usato (assegno bancario n° ... etc....) Se non hai la disponibilità della cifra e quindi nessuna possibilità di far circolare la cifra ti consiglio di non fare vendita e prendere in considerazione la donazione.
Anche per la donazione ci sono spese notarili ed imposte, però a differenza della vendita non c'è movimento di denaro. In tal caso bisogna valutare se ci sono figli legittimi, in quanto possono opporsi alla donazione per 'lesione di legittima'.
Sempre in riferimento alla donazione, se un domani tua moglie vorrà vendere l'immobile di cui detiene il 50% derivante da donazione, dal Notaio dovrà procedere prima alla revoca della 'donazione' e poi alla vendita dove venditori sarete tutti e due.
Con riferimento a figli, se ce ne sono perchè non prendere in considerazione l'idea di intestare l'acquisto ad un minore richiedendo autorizzazione al giudice tutelare? Potete acquistare il nuovo immobile come 1^ casa e gestirlo fino alla maggiore età del minore; oppure donare entrambi l'attuale casa ai minori.
Per il credito d'imposta: se hai pagato IVA al momento del primo acquisto ed oggi compri da privato puoi fare conguaglio imposte al momento dell'atto di acquisto senza attendere il recupero a mezzo dichiarazione reddito, mentre se anche oggi compri da impresa, paghi l'IVA dell'acquisto ed il credito d'imposta lo recuperi in sede di dichiarazione come ha già detto Roby.
Un valore fiscale basso della seconda casa faciliterebbe le cose pagando il 10% di imposte tenendo inalterato tutto il resto, solo che in questo caso non c'è recupero di credito d'imposta però paghi un solo atto notarile.
Conoscere i valori fiscali degli immobili servirebbe a darti delle indicazioni più precise facendo meglio i conteggi.