L'obbligo di menzionare gli estremi del protocollo delle planimetrie catastali conformi allo stato di fatto è in vigore dal 01/07/2010, quindi il fatto che nei rogiti non esiste ne recitazione di tali estremi e ne copia delle planimetrie è regolare.
Da quanto hai descritto secondo me la situazione non presenta abusi tranne che, quanto realizzato, non sia conforme alla dia rilasciata.
Per quanto riguarda la regolarità urbanistica sia nel rogito del 31/03/2006 che in quello del 16/09/2006, dovresti trovare che l'immobile è antecedente il 1967 e che non ha subito variazioni suscettibili ad autorizzazioni o diciture simili.
Per la dichiarazione di regolarità urbanistica va detto che la dia doveva essere citata nel rogito del 16/09/2006 in quanto la stessa era già stata rilasciata prima della stipula.
Il fatto di non averla citata può costituire reato di falsa dichiarazione in atti pubblici ma solo se qualcuno lo fa notare, mi domando chi potrebbe avere tale interesse ?.
Adesso quando si procederà a ulteriore rogito qualche notaio più puntiglioso potrebbe chiedere lumi circa la variazione del 7/11/2006 successiva al rogito del 16/09/2006, ma risponderete che il tutto è stao regolarmente autorizzato con dia del 16/05/2006 solo che non è stata menzionata in rogito (attenzione sempre che quanto allo stato di fatto è conforme alla dia menzionata, altrimenti c'è abuso), come vedi dipende dalla pignoleria del notaio.
Il tutto per quanto di mia conoscenza ed esperienza in caso simile, che però non fa la regola.
La regola corretta era di menzionare la dia nel rogito del 16/09/2006, il che comportava pure variazione catastale prima dello stesso rogito.
Per quanto riguarda l'agibilità occorre dire che non è obbligatorio averla tranne che l'acquirente ne fa precisa menzione di averla prima del rogito.
L'agibilità inoltre è uno dei documenti principali che richiedono quasi turre le banche per erogare mutuo, intendo dire quasi tutte perche c'è ne sono alcune che non gli importa nulle che il certificato cìè o non c'è.