Salve,
a mio avviso, trascurando il possibile problema risibile del centimetro nella posizione della finestra (detto tra noi chi mai si dovrebbe mettere a misurare la posizione di tutte le finestre, porte, altezze, larghezze, etc...) , il problema centrale qual è? la difformità tra la planimetrie? Allora concentrati su quello. Poi, mi chiedo, l'immobile è in un condominio? La conformità, agibilità e successiva abitabilità è mancante solo nel tuo appartamento o in tutti gli appartamenti? Se come penso manca in tutti, è tutto il condominio che deve richiedere l'abitabilità, perchè non mi pare che si possa chiedere autonomamente l'abitabilità per il singolo appartamento o almeno nel recente passato lo era. Comunque tutte queste cose vanno discusse con i vari uffici degli enti interessati perchè ogni regione, per non dire ogni provincia e ancor di più ogni tecnico è storia a sè!