Premesso che non seguo gli affitti (si vede!) e premesso che, mi sembra evidente, stiamo parlando delle classiche cose all'italiana (nel modello RLI di stipula contratto è già segnalato il tipo di rapporto locativo e, per non complicare, è intrinseco che se non comunico nulla all'Agenzia delle Entrate è perchè esercito l'opzione), prendo atto dell'articolo postato, con la "nuova norma introdotta dal D.Lgs. n. 158 del settembre 2015", relativo alle recenti sanzioni amministrative in voga dal gennaio 2017 (un anno), che obbliga il conduttore in regime di cedolare secca, diversamente da quanto succedeva in precedenza, a comunicare tramite modello RLI l'esercizio della proroga sul contratto di locazione (2 anni nel 3+2) pena, nel tuo caso, il pagamento di una sanzione fissa (€ 100).
Dunque, avendo già terminato i 5 anni, devi stipulare un nuovo contratto corredato da nuovo modello RLI e pagare contestualmente i € 100 suddetti per la mancata comunicazione della proroga.