Quel che vale è quanto riportato nella concessione edilizia.
Sembra di capire che l'esercizio di vicinato è in regola, anche catastalmente, dopo la modifica apportata d'ufficio dal Comune.
Per rispondere alla tua iniziale domanda:
la mia risposta è: NO, ossia, puoi agire, ma l'esito non potrà...