Nonostante il titolo del 3D, non mi sembra di capire tu chieda se sia possibile usare carte prepagate per effettuare gli adempimenti fiscali per registrazione ed anni successivi. Per questi, se il SW lo accetta non credo ci siano impedimenti.
Se invece ti riferivi all'obbligo di usare mezzi tracciabili per il pagamento dei canoni, troverai i pareri di @
Pennylove su uno specifico 3D.
E' opinione prevalente che una ricaricabile, non prevedendo la causale, (e forse anche il CF del depositante) non sia considerata mezzo adeguato.
http://www.immobilio.it/threads/tracciabilità-riscossione-affitto-locatizio.29841/page-8