Per una cosa del genere è alquanto improbabile che il mutuo venga respinto. Anche perché non è detto che in una situazione del genere si possa ritenere l'immobile difforme.
L'obbligo di variazioni a seguito di modifiche interne nasce nei primi anni 2000, prima non era tassativo. E inoltre, per le modifiche e\o incongruenze che non abbiano ripercussione sulla rendita catastale non vi è obbligo di aggiornamento. Ciò è quanto ha specificato l'ADE in una circolare del 2010
Catasto: niente variazione per interventi irrilevanti
Dunque, al netto di ciò che ha scritto il CTU, non sono neanche certo che l'utente sia tenuto a fare qualcosa: può farlo per sicurezza, ma non è detto che ne sia obbligato.
P.S. in parecchie planimetrie catastali, specie quelle molto datate, l'altezza non è neppure riportata